来料加工企业的主要原材料、大部分辅料及生产用的机械设备、办公设备，一般都是由外商提供的，对于这部分资产不必进行会计核算，只要按时间先后登记进出口数量和结余量，作为备查账即可。另外，来料加工企业没有注册资金，也不用进行实收资本的核算。因此，来料加工企业会计核算相对比较简单，只要把相关的费用、工缴费收入、往来款等内容搞清楚就可以了。
（一）收入的核算
首先，根据财政部1998年颁布的收入确认原则，来料加工企业在报关出口后就应确认收入。因为此时商品所有权的主要风险和报酬已经转移给外方，加工企业对商品已不拥有与所有权相联系的继续管理权，不再对已出口的商品实施控制，同时与交易相关的加工费收入已转入企业，相关的收入和成本已能够可靠地计量。
其次，对内外加工业务收入应分别核算。目前，企业为了适应市场经济的发展，往往采取多种经营方式，可能既做进出口贸易，又做生产、加工业务。这就要求企业要分清业务的主次，主营业务在营业收入中核算，而兼营业务则在其他业务收入中核算。来料加工企业也有类似问题，比如来料加工企业为了充分利用现有设备，既从事对外加工业务，又搞国内加工，这时就应分别核算对内、对外加工业务。外加工费收入免征增值税，而内加工费收入则要征税，如果划分不清，就不能享受免税待遇。另外，企业出售废料的收入，应在营业外收入中核算，因为它与生产经营无直接关系。
第三，境外委托方代支的费用应如实计入收入。目前，国内来料加工企业加工费收入定得普遍较低，境外委托方往往与国内来料加工企业签订某些协议，代支部分费用（如厂租、报关费等大额支出），例如某制衣厂
，1997、1998年两年亏损总额高达899万元，其中1998年的加工费收入为72万元，费用成本总额为445万元，收入仅占费用的16％，而仅工资一项开支就达312万元。该厂付出312万元的工资却只取得72万元的收入，且该厂成立10年来，一直处于这种状况，却能经营下去。究其原因，原来境外委托方经常付给该厂现金（是人民币而非外汇）以供日常开支，这部分现金则挂在其他应付款账上，而不在收入科目中反映，这就变相转移了企业加工费收入，从而转移利润，减少应纳税所得额，同时由于加工费收入过低，也减少了国家外汇收入。对于外商代支的此类费用可理解为价外补贴收入，应并入应纳税所得额计算缴纳企业所得税。
（二）费用的核算
首先，费用核算应细化。一般地，大的来料加工企业可将费用分为制造费用和管理费用，用于生产方面的费用计入制造费用，用于办公管理方面的费用计入管理费用，而对于小的来料加工企业来讲，也可将所有费用都计入管理费用。对于出口方面的费用，如监管费、商检费、卫检费、打单费、场检费、招待费、补助费等，大部分企业都把它们放入报关费。其实，这样做不利于企业进行财务分析，最好的办法是分项单列。比如说，有的来料加工企业每月报关费有几十万元，但具体是什么开支却不清楚，而分开列记就不存在上述问题。同时，卫检费、场检费等是按车次收取的，监管费、商检费是按材料价值来计算的，如果实际支出金额偏差较大，就可检查是否有不正常开支，从而促进企业做好财务分析。
其次，购进原材料和辅料的进项税额不能抵扣，而应单独核算并计入成本费用。来料加工企业主要原材料和大部分辅料是通过海关进口的，也有小部分辅料是从国内采购的。在国内采购的材料，即使取得增值税专用发票，其进项税额也不能抵扣，而只能计入成本费用。这是因为，按照现行税收政策，来料加工复出口的货物，一律实行出口免税管理办法，即进项税额（包括进口料件和国产料件的进项税额）不予抵扣，最后生产加工环节不征税，出口也不退税。这与进料加工贸易不同，进料加工企业使用的国产料件可办理出口退税（必须取得增值税专用发票）。因此，对从事来料加工复出口业务的出口企业，为生产或加工复出口的免税货物而购进的已税原材料、辅料等，其进项税额不能抵扣和办理退税，而应单独核算并转入来料加工经营成本中。若不能单独核算应税和非应税项目的进项税额的，按销售比例分摊其耗用原材料的进项税额。
来料加工企业的税收优惠
根据《出口货物退（免）税管理办法》的规定，出口企业以来料加工贸易方式免税进口原材料、零部件后，凭海关核签的来料加工进口货物报关单和来料加工登记手册向主管其出口退税的税务机关办理来料加工免税证明，持此证明向主管其征税的税务机关申报办理免征其加工或委托加工货物及其工缴费的增值税、消费税。货物出口后，出口企业应凭来料加工出口报关单和海关已核销的来料加工登记手册、收汇凭证向主管出口退税的税务机关办理核销手续，对逾期未核销的，主管出口退税的税务机关将会同海关和主管征税的税务机关及时予以补税和处罚。