1. 农副食品加工专用设备制造业
这需要一个参考，比如你是做食品加工的，那其他制造业就有以下这些：
农副食品加工业，
酒、饮料和精制茶制造业，
烟草制品业，
纺织业，纺织服装、服饰业，皮革、毛皮、羽毛及其制品和制鞋业，
木材加工和木、竹、藤、棕、草制品业，
家具制造业，
造纸和纸制品业，
印刷和记录媒介复制业，
文教、工美、体育和娱乐用品制造业，
石油加工、炼焦和核燃料加工业，
化学原料和化学制品制造业，
医药制造业，
化学纤维制造业，
橡胶和塑料制品业，
非金属矿物制品业，
黑色金属冶炼和压延加工业，
有色金属冶炼和压延加工业，
金属制品业，
通用设备制造业，
专用设备制造业，
汽车制造业，
铁路、船舶、航空航天和其他交通运输设备制造业，
电气机械和器材制造业，
计算机、通信和其他电子设备制造业，
仪器仪表制造业，
其他制造业，
废弃资源综合利用业，
金属制品、机械和设备修理业。
2. 农副食品加工专用设备制造业税率
是这样的，一般纳税人的标准是生产、加工和修理修配企业年增值税应税收入达到100万元；商业零售和批发企业年增值税应税收入达到180万元。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三十条规定：一般纳税人有下列情形之一者，应按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票: (一)会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料的； (二)符合一般纳税人条件，但不申请办理一般纳税人认定手续的。 因此，你公司达到一般纳税人标准后必须申请一般纳税人，如果不申请就按照增值税税率计算征收增值税（农产品的增值税税率为13%），同时不允许抵扣进项税额，不允许使用增值税专用发票的。 你公司应该是收购或购进农业产品后销售，属于商业企业吧。批准为一般纳税人后，如果是收购农业产品，可以从国税购买《农副产品收购凭证》，收购并按照规定填开《农副产品收购凭证》后，可以按照收购凭证上注明的收购金额依13%的扣除率（是收购金额，不需要换算不含税金额）计算抵扣进项税额；如果从农业生产单位购买农副产品，也可以凭农业生产单位开具的普通发票上注明的买价（是买价不需要换算不含税金额）移13%的抵扣率计算抵扣进项税额。 你所说“农科院注册的公司年交易量要比我们大的多，但他们依然是小规模纳税”，我想有两种情况：一、你的信息不准确可能收入没有达到标准；二、他是农业产品的生产单位，按照规定农业生产者销售自产的农业产品免征增值税，因此不需要申请一般纳税人。 人
3. 农副食品加工业和食品制造业
制造业是利用某种资源，按照市场要求，通过制造过程，转化为可供人们使用和利用的大型工具、工业品与生活消费产品的行业。主要有：农副食品加工业
、食品制造业、烟草制品业、纺织业、纺织服装、服饰业、皮革、毛皮、和制鞋业、木材加工制品业、家具制造业、造纸和纸制品业、 印刷业、医药制造业
、有色金属冶炼和压延加工业等等。
4. 农产品加工设备
农产品标准一般可分为国家标准、行业标准、地方标准和企业标准。农产品初级加工一般需要生产许可证和生产资格证书，具体以当地的政策为准。农产品初加工是指对农产品一次性的不涉及农产品内在成分改变的加工，即对收获的各种农新产品（包括纺织纤维原料）进行去籽、净化、分类、晒干、剥皮、沤软或大批包装以提供初级市场的服务活动，以及其他农新产品的初加工活动。
一、农产品标准分为哪几级
1、国家标准
国家标准，指由国家标准化主管机构（国家标准化管理委员会）批准发布，对全国经济、技术发展有重大意义，且在全国范围内统一的标准。国家标准分为强制性标准（代号为“GB”）和推荐性标准（代号为“GB/T”）。
2、行业标准
行业标准，指对没有国家标准而又需要在全国某个行业范围内统一的技术要求所制定的标准，它不得与有关国家标准相抵触。农业行业标准由农业部组织制定。行业标准是对国家标准的补充，行业标准在相应国家标准实施后，自行废止。
3、地方标准
地方标准，指由地方（省、自治区、直辖市）标准化主管机构或专业主管部门批准、发布，在某一地区范围内统一的标准地方标准不得与国家标准、行业标准相抵触。在相应的国家标准或行业标准实施后，地方标准自行废止。
4、企业标准
企业标准，指在企业范围内需要协调、统一的技术要求、管理要求和工作要求所制定的标准，是企业组织生产、经营活动的依据。国家鼓励企业制定高于国家标准的企业标准，在企业内部适用。
二、农产品初级加工需要什么证件
1、农产品初级加工一般需要生产许可证和生产资格证书，具体可到当地农资部申请，然后还要到工商部门办理营业执照。
2、农产品初加工是指对农产品一次性的不涉及农产品内在成分改变的加工，即对收获的各种农新产品（包括纺织纤维原料）进行去籽、净化、分类、晒干、剥皮、沤软或大批包装以提供初级市场的服务活动，以及其他农新产品的初加工活动。
5. 农副食品加工专用设备包含哪些
在工业方面：中小型的轧钢设备、各种金属切割机床、轻工机械、矿山上的卷扬机和通风机等，都用异步电机来拖动。
在农业方面：水泵、脱粒机、粉碎机和其他农副产品加工机械，也都用异步电动机拖动。
6. 新型农产品加工设备
农副产品加工包括农，林，牧，副，鱼五业产品。
7. 农副食品加工设备有哪些
1、企业所得税
（1）购进财税[2008]115号《节能节水专用设备企业税优惠目录和环境保护专用设备企业所得税优惠目录》中的设备可计10%企业所得税税前扣除
（2）符合财税[2008]149号文件规定的农活品初加工范围，免征企业所得税
2、增值税
（1）财税[2009]148号“国家税务总局关于以农林剩余物为原料的综合利用产品增值税政策的通知”，对纳税人销售的以三剩物、次小薪材、农作物秸秆、蔗渣等4类家林剩余物为原料生产的综合利用产品由税务机关实行增值税即征即退办法，2010退税比例80%。
（2）财税[2001]30号，国家税局总局关于豆粕等类产品免征增值税通知
国税函[2003]1395号，国家税务总局关于饲用油产品免征增值税的批复
国税函[2010]75号， 国家税务总局关于粕类产品免征增值税问题的通知
（3）农产品收购时，收购单位到国税局购进发票，开具给农户和本单位，可计提13%的增值税
8. 农副产品加工设备
农村制造业有很多，我给你推荐几个
1、生活用纸加工厂
生活用纸是刚需，卫生纸在乡村是一个家家户户必不可少的产品。在农村开小型卫生纸加工厂，投资30万一50万（不含厂地费用）就可以运作，营业执照和环评等等手续都可以办，前提是你别在旅游区或者敏感区域内。设备和技术都比较简单联系一下就可以，一台复卷机需要4-7个人，提前找好工人就可以了，开业生产是比较简单的。
2、豆制品加工厂
这个小厂投资也不大，但收益高、见效快，因为豆制品加工，原料可以就地起材，产品就地销售或就近销售，只要品种多样化，质量好，生意一定会越来越好。做豆腐无论论斤卖还是论块卖，都是一宗稳赚不赔的买卖，在农村办一个豆制品加工厂，做得稍微好一些，一年下来也会有个十万元左右的收入。而且制作豆腐后的豆渣还可用来喂猪养牛和鸡，这也会相应增加利润空间。
3、粉面加工厂
当前的农村，盛产不少农作物，有玉米、花生、芝麻、土豆、红薯等等，而这些都是比较好的食物资源，现在的人都喜欢吃农村的东西，因为没有污染，是绿色的食品。在南方就有一些创业者，利用设备做起了红薯粉，专门收购村里的红薯做原材料，把这些作物打碎，再吊浆过滤、晒干，最后漏丝成粉条晾干就成了红薯粉，现在市面上吃的酸辣粉就是用的成品红薯粉。这种农作物制成的粉面非常受市场欢迎，一般干红薯粉零售都卖到10多元一斤，批发给商家和经销商都是6元一斤，假如一天销售300斤，纯收入都不低于1000元，而且这样的作物加工成本不高，但产品市场长期需求的，在农村就是一个稳妥赚钱的途径。
3、饲料加工厂
随着现在农村养殖户的增加，对于家禽饲料的需求也一直在增加，抓住养殖户的这个需求在农村办一家饲料加工厂，就是一个不错的小投资办厂项目。而饲料加工厂所需的一些加工设备价格也不是太高，也在大部分人的接受范围之内，原料就是就地取材，成本非常低。
综上所述，以上这几个农村加工厂项目，都是投资不大有前景的，大家如果感兴趣可以提前做好项目调研。